Paralleling ClustalW2

Тема моей курсовой: "Поиск потенциальных возможностей распараллеливания   алгоритма множественного выравнивания нуклеотидных и белковых последовательностей ClustalW2". А если простым языком, то требуется готовую программу ClustalW2 сделать параллельной используя любую из доступных технологий(MPI, OpenMP или CUDA). Начало уже положено, вот статья на ПАВТ'12 (ссылка). Но чем больше я разбираю исходный код ClustalW2 тем "чудесатее и чудесатее" (Л. Кэрролл "Алиса в стране чудес") нахожу детали. Например, вот как прокомментировал создатель ClustalW2 Des Higgins функции forwardPass() и reversePass():

hi Ilya; that route is very very hard to parallelise.  It might not be possible and it is also very very very old very difficult code.  I wrote it in Fortran in 1998 by copying it from someone elses code in C.
Des

 Так что теперь ищу обходные пути...
P.s. кому интересно, вот ссылка на svn курсовой https://code.google.com/p/parallel-clustalw2/